SMA PGRI 2 Kayen berdiri pada tahun 1981 dengan ijin membuka SMA PGRI Kayen nomor : 82/123/VI/’81 yang saat itu menempati gedung SD Kayen 05 dan terus berpindah pindah dari SD satu ke SD lainnya, karena pada waktu itu belum mempunyai tanah dan gedung sendiri dengan status terdaftar. Dengan tujuan untuk menampung siswa tamatan SLTP yang tidak dapat melanjutkan sekolah dikota. Pada saat itu SMA PGRI 2 Kayen adalah satu-satunya SLTA yang ada di Kawedanan Kayen.
Pada tahun 1987 sekolah mampu membeli sebidang tanah seluas kurang lebih 1.873 m2 yang berlokasi di Desa Jatiroto Kecamatan Kayen Kabupaten Pati. Di tempat inilah didirikan gedung SMA PGRI 2 Kayen hingga sekarang. Dan sejak tahun pelajaran 1988/1989 telah mendapat status “DIAKUI“ untuk melaksanakan ujian sendiri.
Sebagai lembaga pendidikan swasta SMA PGRI 2 Kayen mengalami pasang surut. Sehingga sulit bagi sekolah untuk mempercepat pembangunan sarana pendidikan. Hal ini disebabkan karena pada umumnya orang tua siswa kurang mampu ekonominya dan juga belum tumbuhnya kesadaran yang tinggi akan pentingnya pendidikan bagi anak-anaknya. Dan disamping itu belum ada perhatian yang sungguh-sungguh dari pemerintah untuk mengakui sekolah swasta merupakan bagian dari seluruh pembangunan bangsa.
SMA PGRI 2 Kayen berlokasi di Desa Jatiroto, Kecamatan Kayen, Kabupaten Pati, tepatnya pada jalan Raya Kayen – Jatiroto km. 1. Sekalipun SMA PGRI 2 Kayen pada mulanya berada di lingkungan persawahan, namun saat ini telah mendorong lingkungannya untuk didirikan sejumlah bangunan sehingga letak geografis SMA PGRI 2 Kayen cukup strategis, mengingat tidak jauh dari pasar, lapangan, pusat kota Kayen dan dilalui kendaraan umum, meskipun masih sangat terbatas.
Dalam 2 tahun terakhir SMA PGRI 2 Kayen mengalami kemajuan yang cukup signifikan baik dilihat dari manajemen, pengembangan fisik dan sarana dan jumlah siswanya. Hal ini merupakan tantangan bagi setiap warga sekolah untuk senantiasa meningkatkan kinerjanya sehingga menjadi sekolah yang kehadirannya benar-benar ditunggu dan diharapkan masyarakat dan para lulusannya dapat berkiprah baik yang melanjutkan ke perguruan tinggi maupun yang terjun bekerja di masyarakat.